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建立磁控溅射设备镀膜综合设计系统是势在必行的。系统的建立可按照由整体综合设计展开到部分设计，然后，再由部分设计逐步深入到整体综合设计，即“整体到部分，再到整体”这一动态设计理念，不断完善设计系统。将溅射镀膜所涉及的重要因素列举出来，找出它们之间的内在联系，进而建立溅射镀膜综合设计系统，在此基础上进行膜厚均匀性研究，并为后期转化为设计系统软件做铺垫，来实现制备薄膜均匀性好的大面积薄膜，为生产提供有力的保障。
磁控溅射设备真空系统设计是一个相对成熟的设计部分，主要包括下面四个部分：室体结构——由系统工作方式设定其设计形式。真空室可设计为单室，多室和生产线等形式，并可以选择诸如连续、半连续等生产方式。对于生产平板基片的室体来说，应该进行强度、刚度、稳定性等优化设计，同时考虑加工工艺的可行性和简易性材料选择——按照真空工艺要求，选择满足饱和蒸气压低，热稳定性和化学稳定性好，易除气，透气率小等要求的材料21。例如，奥氏体不锈钢，铝合金，无氧铜等。对于大尺寸设备，为降低设备整体或移动部件的重量，可以优先选取铝合金等轻质金属材料。
相对准确的电磁场设计是对溅射过程中的电磁场进行模拟，而不是只对未工作时的磁控溅射设备进行电磁场模拟。电源的选择：“电源”的选择应根据不同的工艺过程确定，常见的有直流电源、中频电源、射频电源及能够实现多种供电模式的混合型电源等。材料的选择：对于射频电源来说，功率的载人和匹配是非常重要的问题。大功率射频电源的电极载入材料要求面电导率高且化学稳定性好，工业上常选用无氧铜作为电极材料。磁控靶内的材料可按磁导率的高低划分，磁靴为高磁导率材料，一般为工业纯铁。
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