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磁控溅射的工作原理是指电子在电场E的效果下，在飞向基片进程中与氩原子发生磕碰，使其电离发生出Ar正离子和新的电子；新电子飞向基片，Ar离子在电场效果下加速飞向阴靶，并以高能量炮击靶外表，使靶材发生溅射。在溅射粒子中，中性的靶原子或分子沉积在基片上构成薄膜，而发生的二次电子会遭到电场和磁场效果，发生E（电场）×B（磁场）所指的方向漂移，简称E×B漂移，其运动轨迹近似于一条摆线。若为环形磁场，则电子就以近似摆线形式在靶外表做圆周运动，它们的运动路径不仅很长，而且被捆绑在接近靶外表的等离子体区域内，并且在该区域中电离出很多的Ar 来炮击靶材，然后实现了高的沉积速率。随着磕碰次数的增加，二次电子的能量消耗殆尽，逐步远离靶外表，并在电场E的效果下终沉积在基片上。由于该电子的能量很低，传递给基片的能量很小，致使基片温升较低。
磁控溅射是入射粒子和靶的磕碰进程。入射粒子在靶中经历杂乱的散射进程，和靶原子磕碰，把部分动量传给靶原子，此靶原子又和其他靶原子磕碰，构成级联进程。在这种级联进程中某些外表附近的靶原子获得向外运动的足够动量，离开靶被溅射出来。
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